Ưu đãi thuế TNDN thường được áp dụng với các dự án đầu tư mới ở các địa bàn khu vực được khuyến khích đầu tư hay có quy mô lớn. Nếu các dự án đầu tư được cấp phép đầu tư và đã thực hiện trong giai đoạn 2009-2013 chưa được hưởng ưu đãi thuế TNDN nếu thỏa mãn một số điều kiện nhất định sẽ được hưởng ưu đãi thuế TNDN từ năm 2015, trừ những dự án sáp nhập và tái cơ cấu.
Một số lĩnh vực được chính phủ khuyến khích đầu tư bao gồm Giáo dục, y tế, văn hoá, công nghệ, bảo vệ môi trường, nghiên cứu khoa học, nông sản, thuỷ hải sản, phần mềm, năng lượng tái sinh…
Những địa bàn được khuyến khích đầu tư như các đặc khu kinh tế, công nghệ cao, khu công nghiệp, nơi có điều kiện khó khăn…
Quy mô dự án với tổng đầu tư từ 6000 tỷ đồng, giải ngân trong vòng tối đa 3 năm kể từ khi được cấp phép đầu tư, đạt doanh thu tối thiểu là 10.000 tỷ đồng/năm hoặc có tổng số lượng lao động là 3000 người kể từ năm thứ 4 khi có doanh thu;
Dự án có quy mô vốn từ 12.000 tỷ đồng trở lên, giải ngân trong vòng 5 năm kể từ ngày cấp phép, sử dụng công nghệ cao được thẩm định.
Ngoài ra, các công ty sản xuất, xây dựng, và vận tải sử dụng nhiều lao động nữ hoặc người dân tộc thiểu số được hưởng thêm các ưu đãi giảm thuế khác.
Từ ngày 01/01/2016, doanh nghiệp được ưu đãi thuế TNDN áp dụng một trong 03 mức thuế suất sau:
Mức thuế suất ưu đãi 10% được áp dụng trong thời hạn 15 năm tính liên tục từ năm phát sinh doanh thu từ hoạt động được hưởng ưu đãi thuế (Ví dụ như lĩnh vực xã hội hoá như y tế, giáo dục có thể được hưởng mức thuế suất 10% trong suốt thời gian hoạt động);
Mức thuế suất ưu đãi 17% được áp dụng trong thời hạn 10 năm tính liên tục từ năm phát sinh doanh thu từ hoạt động được hưởng ưu đãi thuế.
Mức thuế suất ưu đãi 15% được áp dụng cho một số lĩnh vực kinh doanh cho cả thời gian hoạt động.
* Hết thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi, thuế suất thuế TNDN phổ thông sẽ được áp dụng.
Doanh nghiệp được miễn thuế liên tục trong một giai đoạn cụ thể từ năm công ty có thu nhập chịu thuế từ ưu đãi thuế, sau đó được giảm thuế TNDN khi mức thuế suất áp dụng chỉ bằng 50% mức thuế suất trước đó.
Nếu doanh nghiệp không phát sinh thu nhập chịu thuế trong 03 năm từ năm có doanh thu khi được hưởng ưu đãi thuế, thời gian doanh nghiệp được miễn/giảm thuế sẽ được tính bắt đầu từ năm thứ 4 khi công ty bắt đầu hoạt động.